Po tym, jak do Kairu dotarły niepokojące wieści o francuskiej kampanii, która dotarła do Aleksandrii, w elitarnym społeczeństwie i wśród innych mieszkańców zapanowała panika i zamieszanie. Obawiali się braku żywności i zagrożenia życia, podczas gdy mamelucy i elita bali się również o swoje pozycje i majątki, które wcześniej siłą odebrali Egipcjanom.
Pierwszym, który otrzymał wiadomość o tej kampanii od gubernatora Aleksandrii, był Murad Bak – jeden z dwóch głównych przywódców mameluków w Egipcie. Bardzo się zdenerwował, stracił panowanie nad sobą i poprosił elitę i szlachtę o spotkanie w celu omówienia tych wiadomości, aby być gotowym na podjęcie odpowiednich działań.
Spotkanie odbyło się w pałacu Ibrahima Bek’a, który znajdował się w dzielnicy „al qasr el ainy” (obecnie w pobliżu przedmieść Garden City).
W naradzie uczestniczyli: szlachta, kupcy egipscy, szejkowie Al Azhar,
Pash, który był przedstawicielem sułtana osmańskiego rządzącego Egiptem i mamelucy.
Próbowali przeanalizować przyczynę tej kampanii, jednak według doniesień z Aleksandrii dowiedzieli się, że Napoleon oznajmił, iż on i Francja nie żywią żadnej wrogości wobec sułtana imperium osmańskiego, a co więcej, uważają go za przyjaciela Francji, a głównym powodem tej kampanii jest ochrona francuskich kupców i ich karawan przed mamelukami oraz pomoc chrześcijanom w zapewnieniu im lepszego i bezpieczniejszego życia w Egipcie.
Dlatego mamelucy założyli, że był to manewr między Francją a sułtanem osmańskim, aby pozbawić ich siły i pozycji w Egipcie, a oni są kozłem ofiarnym tej ekspedycji.
To twierdzenie nie zostało jednak zaakceptowane przez „pashę”, oficjalnego władcę Egiptu, który uważał, że sułtan nie potrzebuje żadnych wspólnych posunięć z Francuzami, aby zniszczyć potęgę mameluków, nawet jeśli maiałby z nimi jakikolwiek konflikt. Nie jest to nawet logiczne, aby prosić chrześcijański kraj o pomoc w odzyskaniu islamskich ziem!
Mamelucy po tych słowach uspokoili się i zaczęli myśleć bardziej strategicznie. Zaczęli bronić Kair przed tą kampanią i pracować nad wycofaniem jej z powrotem do Europy, jednak w rzeczywistości nie martwili się o Egipt, a raczej o swoje bogactwo i pozycje oraz źródło dochodów jakie posiadali w tym kraju.
Natomiast Napoleon w tym czasie zrealizował wszystkie plany, które uważał za konieczne do jak najszybszego wdrożenia. Aby zabezpieczać swoje pozycje i łączność z Europą poprzez Francję, pozostawił tam oddział żołnierzy pod dowództwem Klebera, który został ranny podczas pierwszych ataków na Aleksandrię. Kazał mu utrzymać kontrolę nad Aleksandrią i podążać za francuską flotą, dopóki nie znajdzie się w bezpiecznym miejscu oraz zlecił próbę inwazji i kontrolowania miasta Rosetta, które leży około 40 km na wschód od Aleksandrii.
Kolejnym krokiem było wybranie właściwej drogi do Kairu. Francuzi w tym momencie mogli wybrać dwie opcje. Pierwszą – przez odnogę Nilu w Rosetcie, która znajdowała się pod kontrolą Mameluków, a drugą – przez pustynię w pobliżu delty Nilu.
Napoleon wybrał drugą z wymienionych opcji, czyli drogę przez pustynię, ponieważ dzięki swojemu wyczuciu i zdolnościom strategicznym chciał uniknąć jakiejkolwiek dodatkowej bitwy, która mogłaby osłabić jego siły.
Napoleon ruszył ze swoimi żołnierzami przez pustynię prowincji Beheira, a mamelucy uznali, że najlepszą drogą do stoczenia bitwy jest „shubrakheat”.
W tym miejscu doszło do pierwszej konfrontacji między Francuzami a mamelukami, pod dowództwem Murada Bek. Jego żołnierze czekali w tym miejscu na Francuzów, a podczas tej bitwy to właśnie mamelucy odegrali wielką rolę w pokonaniu Francuzów i przełamaniu sił francuskich.
Jednak flota francuska dopłynęła przez Nil do tego miejsca i zaczęła atakować przeciwnika, niestety pech chciał, że trafiła statek, na którym znajdowała się cała posiadana przez mameluków broń, co spowodowało ich wycofanie się. Z powodu elastyczności i zdolności do szybkiego reagowania, które były jednym z głównych atutów napoleońskiej genialności, Francuzi wygrali pierwszą konfrontację z mamelukami.
Po tej konfrontacji mamelucy wrócili zdezorganizowani do Kairu, a wieść o ich porażce rozeszła się wśród wszystkich mieszkańców miasta, przez co wiele problemów wymknęło się spod kontroli i zaczął narastać strach przed nadchodzącą przyszłością.
Jednym z najważniejszych wydarzeń w tym czasie był fakt, że mamelucy zwrócili się do Egipcjan o przekazanie im wszystkich swoich oszczędności, aby mogli je wykorzystać do ochrony miasta, i zagrozili wszystkim Egipcjanom, że każdy, kto ukryłby posiadane oszczędności, zostanie ukarany, podczas gdy sami gromadzili wszystkie swoje bogactwa w postaci złota, srebra i cennych przedmiotów.
Szejkowie i inni mieszkańcy zaczęli odprawiać modły do Boga, błagając go za pomocą różnych rytuałów, aby powstrzymał tę inwazję i ochronił Egipt przed nowymi najeźdźcami.
Warto wspomnieć, że Mamelucy wykorzystali zdobyte doświadczenie, aby zgromadzić broń i zacząć strzec stolicy Egiptu przed kolejną bitwą, której konsekwencje będą ogromne i która otworzy nowy okres dla Francuzów w Kairze.