Po porażce Mameluków w walce o zdobycie piramidy, w Kairze nastąpiła bardzo niespokojna noc na wielu przedmieściach, pełna plotek o francuskich atakach na mieszkańców i ich domy. Jednocześnie Francuzi zaczęli świętować swoje zwycięstwo nad Mamelukami.
Napoleon Bonaparte w tym dniu wkroczył do Kairu przepełniony poczuciem dumy, żołnierze świętowali fajerwerkami, chcąc pokazać Egipcjanom, że nadejdzie nowa era z zupełnie nowym wielkim przywódcą, zaś Napoleon nie krył swojego szczęścia, osiedlając się w pałacu „al-alfy”, który niedawno wybudowano.
Francuskie źródła szczegółowo opisywały wystawne życie w owym pałacu, zarówno dekoracje jak i meble czy dywany. To dawało takie wrażenie, jak gdyby przywódca mameluków wybudował ten pałac, by służył jako siedziba Napoleona po jego przyjeździe do Kairu!!!.
Zgodnie ze swoją naturą Napoleon nie marnował ani chwili. Wkrótce po przybyciu do Egiptu zaczął prowadzić spotkania ze szlachtą, kupcami i szejkami z Al-Azhar, okazując przy tym szacunek dla islamu i proroka Mahometa, oraz zapewniając, że przybył do Egiptu jako wybawiciel Egipcjan od ciężkich rządów mameluków i panującej w Egipcie korupcji. Postanowił utworzyć „Radę Służb Cywilnych” składającą się z 9 członków, których zadaniem było codzienne omawianie kwestii i spraw Egiptu, oraz wyznaczył straże do pełnienia ochrony tego miejsca.
Podzielił egipskie prowincje i oddelegował kilku francuskich generałów do sprawowania kontroli nad nimi w celu utrzymania pokoju, co miało zmotywować rolników do zaopatrywania ich w żywność i innych ważnych rzeczy, które mogły wpłynąć na funkcjonowanie gospodarki w tym czasie.
Oprócz utworzenia nowego rządu pod wodzą Napoleona i jego dowódców, otrzymali do wykonania jeszcze następujące zadania:
– Sprowadzenie broni od ludności cywilnej.
– Zebranie potrzebnych koni dla żołnierzy francuskich.
– Budowanie zaplecza.
– Budowanie niezbędnych szpitali.
– Zdobycie majątków mameluków
– Badanie i przyglądanie się mieszkańcom i ich problemom.
Napoleon i jego dowódcy zaczęli więc ich ścigać, aż do wschodniej prowincji „Sharqiya”, gdzie było ich bardzo wielu, a Napoleon wkroczył przez wschodnią część delty w kierunku Syrii, gdzie znajdowało się wielu jego żołnierzy. Jedna z wiadomości mówiła o ataku mameluków na karawany pielgrzymkowe do Mekki, przez co stracili mnóstwo pieniędzy.
Napoleon atakował owych mameluków, do czasu aż zdołali uciec w drodze do Syrii, gdyż otrzymali informacje o tym, że imperium osmańskie postanowiło współpracować z Brytyjczykami w walce przeciwko Napoleonowi i prowadzonej przez niego ekspedycji w Egipcie.
Pozostali generałowie wyruszyli z prowincji „Beni Seuf”, która leży około 100 km na południe od Kairu.
W tym miejscu chciałbym ominąć szczegółowe opisy bitew stoczonych z mamelukami w górnym Egipcie, gdyż zawierają zbyt wiele szczegółów. Wspomnę jedynie, że w niektórych bitwach liczba mameluków była znacznie większa niż samych Francuzów, ale dzięki nowym taktykom i strategiom wojennym Francuzom udało się pokonać mameluków i dotrzeć do pierwszej katarakty i wyspy Philae, gdzie znajduje się świątynia bogini piękna i miłości „Isis” i gdzie do dziś każdy odwiedzający może przy bramie wejściowej zobaczyć graffiti Francuzów, które tam pozostawili.
Należy również dodać, że Francuzi zajęli i kontrolowali port „Al-Qusier”, przez który wysyłano znaczne ilości koni i wielbłądów, które były wykorzystywane podczas walk z Francuzami.
Napoleon miał też swój udział w pokonaniu mameluków w Sharqiya, a wracając do Kairu otrzymał informację o zniszczeniu swej floty w Aleksandrii, co było punktem zwrotnym w dalszej części kampanii w Egipcie.