Wraz z przybyciem do Aleksandrii nastąpiły nowe wydarzenia i nowy wymiar tej ekspedycji. Był to bardzo decydujący moment, a organizacja tej ekspedycji musiała być przeprowadzona w doskonały sposób, aby umożliwić jej prawidłowy przebieg.
Szpiedzy, którzy byli w Egipcie przed tą wyprawą i ich raporty, zalecali, iż idealną pozycją do inwazji i podboju Egiptu jest Aleksandria, starożytna stolica Aleksandra Wielkiego, która miała dwa porty i była małym miastem w tamtych czasach, liczącym mniej niż 10 tysięcy mieszkańców.
Szpiedzy, którzy byli w Egipcie przed tą wyprawą i ich raporty, zalecali, iż idealną pozycją do inwazji i podboju Egiptu jest Aleksandria, starożytna stolica Aleksandra Wielkiego, która miała dwa porty i była małym miastem w tamtych czasach, liczącym mniej niż 10 tysięcy mieszkańców.
Zazwyczaj mieszkańcy spodziewali się inwazji od strony wschodniej, od strony zatoki „Abu Qir”, jednak nie wiadomo dlaczego Napoleon i jego flota wkroczyli do miasta od drugiej strony, w pobliżu Twierdzy Quietbay.
Podczas pełni księżyca, około 3 lipca Napoleon dotarł do Aleksandrii, po czym przeniósł się ze swoich okrętów na ląd, ostrożnie odkrywając miasto i próbując nawiązać kontakt z jego gubernatorem
Kiedy Mohamed Koraeam otrzymał niepokojące wieści o tej ekspedycji miał mieszane uczucia, ponieważ trzy dni wcześniej pojawili się w Aleksandrii wysłannicy generała Nelsona, którzy pytali o francuską kampanię i nosili się z zamiarem pokonania Francuzów, zanim znajdą się w Egipcie, przy czym nie żądali w zamian niczego poza opłaconymi przez nich dostawami żywności i wody!!!
Egipcjanie z powodu krótkowzroczności i braku umiejętności właściwego odczytania sytuacji nie zwrócili uwagi na to poselstwo. Uważali, że jest to tylko prowokacja dążąca do inwazji na Egipt, a odpowiedzią na to był ten oto tekst:
” Egipt należy do sułtana osmańskiego i ani Brytyjczycy, ani Francuzi nie mogliby najechać na ziemię należącą do imperium osmańskiego”
Ta niespodziewana sytuacja zmusiła generała Nelsona do jak najszybszego znalezienia innego miejsca, w którym mógłby zaopatrzyć swoją flotę w wodę i żywność, a była to jedna z greckich wysp.
Wielu ekspertów było bardzo zdziwionych tą kolejną sytuacją, która sprawiła, że obie floty znajdowały się bardzo blisko siebie. Najpierw w pobliżu Sycylii i Malty, a teraz, po raz drugi w pobliżu miejsca docelowego czyli Aleksandrii.
Główne pytanie brzmi: „co mogło się wydarzyć?”.
Co by mogło się wydarzyć, gdyby doszło do konfrontacji obu flot na Morzu Śródziemnym, przed dotarciem do Aleksandrii? Jak potoczyłaby się bitwa między wielkim brytyjskim generałem Nelsonem a wielkim dowódcą armii – Napoleonem?
W mojej ocenie nastąpiłaby wielka zmiana w przebiegu tej ekspedycji. Gdyby doszło do jakiejkolwiek bitwy na Morzu Śródziemnym między flotami francuską i brytyjską, jestem przekonany, że Brytyjczycy całkowicie pokonaliby Francuzów, ponieważ są królami morza, a zgodnie z historią, Brytyjczycy zawsze wygrywali bitwy flotowe ze swoimi wrogami.
Wracając do Aleksandrii i jej gubernatora, który najprawdopodobniej pochodził z Maroka i jako przedsiębiorca zajmował stanowisko zarządcy tego miasta, a ze względu na swoje pochodzenie i charakter, prowadził bardzo dyplomatyczne rozmowy z Napoleonem. Jego strategia polegała na powitaniu Napoleona i jego armii, okazaniu mu lojalności i gotowości do wspierania jego kampanii, a w międzyczasie wysyłał posłańców do mameluków w Kairze. W ciągu jednego dnia wysłał nawet 17 posłańców do Kairu, aby byli przygotowani na powstrzymanie i pokonanie tej operacji.
Gdy Napoleon otrzymał wiadomość o Nelsona kampanii która była w Aleksandrii 3 dni przed jego przybyciem,On powiedział „Przeznaczenie dało mi trzy dni, więc nie powinienem marnować ani jednej godziny”!!!!!!!!!!
Bardzo aktywnie zaczął ,swoich dowódców i żołnierzy przygotowywać i wszystkie bronie, które był przywieziony z Francji, ze swoich statków do ziemi Aleksandrii.
A potem ufortyfikować to miasto tak bardzo, jak to możliwe, Napoleon zrozumiał brytyjski był obserwując i monitorując jego kampanię, więc powinien być ostrożny tak bardzo, jak to możliwe, aby strzec jego drogę i łączenie z Francją Poprzez Aleksandrię
Bardzo szybko zaczął ze swoimi dowódcami i żołnierzami przygotowywać całą broń, którą przywieziono z Francji.
Napoleon zdawał sobie sprawę, że Brytyjczycy pilnują i monitorują jego działania, więc powinien być maksymalnie ostrożny, aby zapewnić sobie połączenie z Francją przez Aleksandrię.
W rezultacie żołnierze ufortyfikowali miasto prawidłowo i profesjonalnie. Z drugiej strony, generał Nelson chciał znaleźć odpowiednie miejsce do przechowywania okrętów i pancerników armii w bezpiecznym i strategicznym miejscu, biorąc pod uwagę, że w każdej chwili mogły one zostać zaatakowane. Jednak między generałami toczyły się dyskusje na temat znalezienia odpowiedniego miejsca lub portu, ze względu na różnorodność głębokości tych statków.
I na koniec, bardzo istotną sprawą była sprawa zwierząt – koni dla żołnierzy i wielbłądów do do przewożenia broni na potrzeby kampanii. Gubernator Aleksandrii doskonale wywiązał się z tego zadania dzięki swoim relacjom z Beduinami, którzy mieszkali w zachodniej części Delty. Dostarczyli oni Napoleonowi 1000 wielbłądów i około 300 koni oraz ich oprzyrządowanie, a także 680 koni z Francji.
Po wszystkich wspomnianych powyżej działaniach Napoleon spędził w Aleksandrii zaledwie 7 dni, ciężko pracując nad ufortyfikowaniem tego miasta, w międzyczasie przygotowując swoją wyprawę na Kair, gdyż kluczowym osiągnięciem jego wyprawy było zdobycie stolicy i uzyskanie nad nią kontroli. Bez Kairu nie można byłoby rozpocząć budowy francuskiej kolonii w Egipcie.